Tokyo est détruite par une mystérieuse explosion en décembre 1982 (1992 dans la version occidentale) et cela déclenche la Troisième Guerre mondiale avec la destruction de nombreuses cités par des armes nucléaires.
Neo-Tokyo, en 2019 est une mégalopole corrompue et sillonnée par des bandes de jeunes motards désœuvrés et drogués. Une nuit, l'un d'eux, Tetsuo, a un accident en essayant d'éviter un étrange garçon... Il est capturé par l'armée japonaise et est l'objet de nombreux tests dans le cadre d'un projet militaire ultra secret pour repérer et former des êtres possédant des prédispositions à des pouvoirs psychiques (télépathie, téléportation, télékinésie...) Mais les amis de Tetsuo, dont leur chef Kaneda, veulent savoir ce qui lui est arrivé car quand il s'evade et qu'il se retrouve en liberté, il n'est plus le même... En parallèle se nouent des intrigues politiques : l'armée essaye par tous les moyens de continuer le projet en espérant percer le secret de la puissance d'Akira (et de la maîtriser pour s'en servir par la suite), les politiques ne voient pas l'intérêt de continuer à allouer du budget à un projet de plus de 30 ans qui n'a jamais rien rapporté, et un mouvement révolutionnaire qui veut renverser le pouvoir et s'approprier le phénomène Akira à des fins religieuses (il serait considéré comme un « sauveur » par ses fidèles). Et pendant ce temps, Tetsuo teste ses nouveaux pouvoirs et veut s'imposer comme un leader parmi les junkies, ce qui ne plaît pas à tout le monde, en particulier à Kaneda...
Personnages
Shotaro Kaneda -- Ami de Tetsuo et chef de leur bande de motards, ce petit délinquant drogué, macho, égoïste, glouton et parfois lâche est entraîné bien malgré lui dans la lutte contre le programme militaire quand il croise le chemin de Kay. Dans son combat contre Tetsuo, il n'est motivé que par la colère et la soif de vengeance, après l'extermination de sa bande par le mutant. Mais les épreuves, le mûrissement de son amour pour Kay et divers sauts inexpliqués dans l'espace-temps le font changer de stature. Au final, il fonde "Le Grand Empire d'Akira", où les jeunes vont reconstruire, seuls, sur les ruines, un monde à leur façon.
Tetsuo Shima -- Enfant abandonné, ce petit dur de quinze ans rivalise avec son ami Kaneda pour être le chef de leur bande de motards. Il tombe par hasard aux mains des militaires, qui libèrent chez lui un énorme pouvoir psychique. Echappant à tout contrôle, il délivre Akira, mais entre dans un cycle de mutations monstrueuses à mesure que son pouvoir grandit. Sa puissance sans cesse croissante pourrait faire sauter la planète. Tantôt enragé de douleur et de haine, tantôt suppliant et sanglotant, il ne trouve un peu de paix qu'auprès de Kaori. Son "Grand Empire" détruit, traqué par tous, il finit dans la peau d'un monstrueux bébé, dont l'énergie en folie est absorbée par celle d'Akira dans un ultime cataclysme.
Kay -- Cette adolescente idéaliste, vierge et sans peur, milite dans un groupe démocratique clandestin qui cherche à dévoiler les expérimentations secrètes de l'armée. Elle se croit amoureuse de Ryu, l'homme qui dirige le groupe, et repousse vigoureusement les grossières avances de Kaneda. Après la destruction de Néo-Tokyo, elle rejoint lady Miyako et le trio des enfants mutants, qui découvrent en elle le médium idéal pour focaliser leurs énergies et affronter Tetsuo en duel psychique. Elle accepte de se sacrifier pour cette mission désespérée. Elle en réchappe, et accepte son amour pour Kaneda, avec qui elle forme au final le "couple refondateur".
Le colonel -- Lui seul connaît le secret d'Akira. Il dirige les expériences dont fut victime Tetsuo. Il est le chef des forces armées.
Akira -- Le plus puissant des mutants psychiques découverts par les militaires, ce garçonnet de dix ans a déjà fait sauter Tokyo en 1989. L'armée le garde prudemment congelé dans une base secrète. Délivré par Tetsuo, il devient l'enjeu de luttes entre diverses factions qui se le disputent pour l'utiliser. Frêle, enfantin et muet, il n'est que le reposoir innocent d'une force gigantesque, qui ne tarde pas à détruire Néo-Tokyo. Erigé en mascotte du "Grand Empire" que Tetsuo édifie sur les ruines, il ne prend aucune part consciente à l'action. Au final, sa "force blanche" (le Bien ?) s'unit à la "force noire" de Tetsuo (le Mal ?) et l'absorbe. Cette fusion le délivre, et les petits mutants avec lui.
Masaru -- il est numéro 27. Le pouvoir lui a brisé les jambes, mais c'est celui qui semble être le chefs des trois mutants.
Takashi -- il est numéro 26. Il causa l'accident dans lequel Tetsuo fut blessé grièvement. Suite à son assassinat par Nezu, Akira déclencha une nouvelle vague de destruction de Neo-Tokyo. Il est généralement celui qui agit parmi les trois mutants, n'ayant pas subit de contrecoups après l'emergence du pouvoir.
Kiyoko -- elle est numéro 25. Ses dons de précognition en font la conseillère du groupe. Elle est complètement paralysée et reste donc en permanence dans un lit mobile.
Lady Miyako -- elle est numéro 19. Rescapée elle aussi du programme d'expérimentation militaire ("revenue d'entre les morts"), cette vieille aveugle à l'aspect de déité bouddhiste surveille l'armée en secret en utilisant le politicien Nezu. Mais elle ne peut rien empêcher des évènements qui conduisent à la destruction de Néo-Tokyo. Elle s'attache alors à sauver et soigner la foule des survivants réfugiés dans son temple, et à donner à Tetsuo la volonté d'accepter ses souffrances pour se contrôler lui-même. Mais son amour et sa sagesse ne servent à rien: elle échoue sur toute la ligne. Elle se résigne à détruire Tetsuo, quitte à y sacrifier Kay comme elle a, plus tôt, sacrifié un trio d'adolescentes dans une vaine tentative pour récupérer Akira. Au final, elle se sacrifie elle-même dans la phase ultime du combat.
Kaori -- Cette gamine de treize ans en costume d'écolière, orpheline maigrichonne et effrayée perdue dans les ruines de Néo-Tokyo, est offerte en pâture au délire orgiaque de Tetsuo (et aux fantames du lecteur). Mais elle transcende le personnage mièvre de la Lolita de manga en assumant le double rôle de grande soeur et compagne de jeux pour Akira d'un côté, et d'amante-mère (?) seule capable d'apaiser les souffrances de Tetsuo. Elle est tuée par un commando américain en essayant de protéger le mutant